2026年10月から免税事業者との取引はどうなる？7割控除と今後の判断をわかりやすく解説

「インボイス登録をしていない取引先とは、2026年10月から取引しないほうがいい？」

「免税事業者へ支払った金額は、もう控除できなくなるの？」

「取引先からインボイス登録を求められたら、どう考えればいい？」

2026年10月のインボイス制度見直しについて調べていると、このような疑問を持つ方も多いのではないでしょうか。

特に、「免税事業者からの仕入れに対する控除が減る」と聞くと、「取引を続けると損をするのでは？」と心配になるかもしれません。

しかし、2026年10月から仕入税額控除が突然ゼロになるわけではありません。

現在の80％から、70％ → 50％ → 30％と段階的に縮小していきます。

そのため大切なのは、「免税事業者だから取引をやめる」と単純に判断するのではなく、実際にどのくらい税負担が変わるのかを確認することです。

結論：2026年10月から免税事業者との取引ができなくなるわけではない

最初に結論からお伝えします。

2026年10月1日から、免税事業者などインボイス発行事業者以外からの課税仕入れについて、経過措置による仕入税額控除の割合が80％から70％へ変わります。

期間	控除できる割合
2026年9月30日まで	80％
2026年10月1日～2028年9月30日	70％
2028年10月1日～2030年9月30日	50％
2030年10月1日～2031年9月30日	30％
2031年10月1日以降	原則として経過措置終了

ここで重要なのは、免税事業者との取引そのものが禁止されるわけではないということです。

変わるのは、課税事業者側が消費税を計算するときに控除できる割合です。

そもそも「仕入税額控除」とは？

今回の変更を理解するために、「仕入税額控除」を簡単に確認しておきましょう。

消費税を納める事業者は、基本的に次のような考え方で納税額を計算します。

この、仕入れや経費で支払った消費税を差し引く仕組みが「仕入税額控除」です。

インボイス制度では、原則として仕入税額控除を受けるために、一定の要件を満たすインボイスなどを保存する必要があります。

なぜ免税事業者との取引に経過措置がある？

免税事業者は、原則として適格請求書発行事業者としてのインボイスを発行できません。

そのため、インボイス制度が完全に適用されると、課税事業者が免税事業者から仕入れた場合、その取引について仕入税額控除ができなくなる場面があります。

ただ、制度開始と同時にすべて控除できなくすると、小規模事業者やフリーランス、それらの事業者と取引する会社への影響が大きくなります。

そこで、負担を急激に変えないために経過措置が設けられています。

2026年9月30日までは一定の条件のもと80％、2026年10月1日からは70％を控除できる仕組みです。

「80％から70％」とはどういう意味？

ここは誤解しやすい部分です。

80％から70％になるからといって、取引先へ支払う金額が70％になるわけではありません。

また、法人税や所得税の計算上、経費にできる金額が70％になるという意味でもありません。

変わるのは、消費税の計算上、仕入税額控除できる消費税相当額の割合です。

たとえば、説明用に、免税事業者との取引に含まれる消費税相当額が10万円だったとします。

つまり、「80％から70％になる＝取引金額全体の10％を損する」わけではありません。

具体例：年間110万円を免税事業者へ支払っている場合

制度を理解しやすくするため、説明用の仮想ケースで考えてみましょう。

ある会社が、インボイス未登録のフリーランスへ年間110万円を支払っているとします。

すべて標準税率10％の課税取引だと仮定すると、110万円に含まれる消費税相当額は10万円です。

2026年9月30日まで

10万円 × 80％ ＝ 8万円

を仕入税額控除の対象にできるイメージです。

2026年10月1日以降

10万円 × 70％ ＝ 7万円

となります。

この単純化した例では、年間の差額は1万円です。

この1万円だけを見て、すぐに取引先を変更するのが適切とは限りません。

取引先を変更することで、価格が上がったり、品質が下がったり、新しい相手へ業務を説明する手間が増えたりすれば、1万円を超えるコストが発生する可能性があります。

※この例は制度を理解するために単純化した仮想例です。実際の税額は取引内容、税率、課税方式などによって異なります。

「免税事業者とは取引しない」が正解とは限らない

インボイス制度が始まってから、「登録していない事業者とは取引しないほうがいい」という話を耳にした方もいるかもしれません。

しかし、経営判断として考えるなら、インボイス登録の有無だけで取引先を決めるのはおすすめできません。

取引先には、税務以外にもさまざまな価値があります。

• 高い専門知識や技術を持っている
• 他社では対応しにくい仕事ができる
• 長年の取引で自社の事情を理解している
• 仕事の品質が安定している
• 急な依頼にも対応してくれる
• 価格が合理的

仮に税負担が少し増えても、その取引先を変更したことで発生するコストのほうが大きければ、会社全体では逆効果になる可能性があります。

重要なのは、「インボイス未登録かどうか」ではなく、「その取引を続けた場合の総合的なコストと価値」です。

取引を続けるか判断するときの4つのポイント

1．年間取引額はいくらか

まず確認したいのは、年間でどのくらい支払っているかです。

月3万円の取引と、月100万円の取引では影響が大きく違います。

感覚ではなく、年間の支払額で確認しましょう。

2．実際の税負担差はいくらか

80％から70％になった場合、実際に納税額がどのくらい変わるのかを確認します。

「70％になるから大変そう」ではなく、金額にするといくらなのかを見ることが大切です。

3．その取引先は代替できるか

他のインボイス登録事業者へ簡単に変更できるなら、選択肢の一つになるかもしれません。

一方で、特殊技術が必要だったり、長年の信頼関係があったりする場合は、簡単に変更できないこともあります。

4．取引先変更にいくらかかるか

新しい取引先を探すだけでも、見積もり、打ち合わせ、契約、業務説明、品質確認などのコストがかかります。

税負担だけでなく、こうした見えにくいコストも含めて比較しましょう。

発注側は「インボイス未登録先一覧」を作ってみる

2026年10月に向けて、発注側の会社がまずやっておきたいのは、インボイス未登録取引先を把握することです。

確認項目	確認する内容
取引先名	誰と取引しているか
インボイス登録状況	登録済み・未登録
年間支払額	1年間でいくら支払っているか
取引内容	外注・仕入れ・業務委託など
重要度	事業への影響が大きいか
代替可能性	他社への変更が容易か
税負担への影響	2026年10月以降の概算

この一覧があるだけでも、どの取引先から優先して確認すべきかが見えてきます。

2026年10月からは「1社1億円」の上限にも注意

2026年度の税制改正では、もう一つ確認しておきたい変更があります。

免税事業者などインボイス発行事業者以外からの仕入れについて、70％・50％・30％の経過措置を利用できる金額には一定の上限が設けられています。

一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れについて、その年または事業年度で1億円を超える部分には、この経過措置を適用できない仕組みです。

この見直しは、2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。

多くの小規模事業者では該当しないかもしれませんが、特定の外注先や仕入先への支払額が大きい会社は確認が必要です。

免税事業者側はどう考えればいい？

ここまでは発注側を中心に見てきました。

では、インボイス登録をしていない個人事業主やフリーランスは、どう考えればよいのでしょうか。

まず、「登録していないと必ず仕事がなくなる」と考える必要はありません。

インボイス登録の影響は、自分のお客さんが誰なのかによって大きく変わります。

一般消費者向けの仕事が中心の場合

たとえば、美容室、整体、個人向け教室、一般消費者向け小売など、主なお客さんが一般消費者の場合を考えてみましょう。

一般消費者は仕入税額控除を行いません。

そのため、法人向け取引が中心の事業と比べると、インボイス登録の有無が取引に与える影響が小さい場合があります。

法人相手の仕事が多い場合

一方、法人向けコンサルティング、デザイン、システム開発、ライティング、業務委託、建設・工事など、課税事業者との取引が中心の場合は注意が必要です。

発注側では、2026年10月以降、仕入税額控除の割合が80％ → 70％ → 50％ → 30％と段階的に縮小していきます。

そのため将来的に、取引先からインボイス登録について確認される可能性があります。

ただし、すぐ登録したほうがよいとは限りません。

登録すると、自分自身が消費税を納める立場になる可能性があるためです。

売上規模、法人向け売上の割合、取引先の要望、消費税負担、利用できる特例などを総合的に比較しましょう。

「値下げしてほしい」と言われたら？

免税事業者側では、「控除できない分だけ値下げしてほしい」と言われることを心配している方もいるでしょう。

ここで大切なのは、インボイス制度だけを理由に一方的な価格変更を当然と考えないことです。

取引価格は、商品やサービスの価値、原材料費、人件費、専門性、市場価格、継続取引などをもとに決めるものです。

発注側に税負担が増えるからといって、それをそのまま全額受注側へ負担させることが必ず適切とは限りません。

価格を見直す場合は、双方で取引条件を確認しながら話し合うことが大切です。

2028年・2030年まで見て判断する

2026年10月の70％だけを見て対応を決めると、数年後にまた判断が必要になります。

経過措置は、70％ → 50％ → 30％ → 原則終了と段階的に変化します。

そのため、長期的な取引先については、「2026年10月にどうするか」だけでなく、「2028年、2030年になってもこの取引条件で問題ないか」まで考えておくと判断しやすくなります。

発注側と受注側で確認すること

今日やっておきたいこと

発注側の方は、まず「インボイス未登録先への年間支払額」を確認してみてください。

受注側の個人事業主・フリーランスの方は、「自分の売上のうち、法人・事業者向けがどのくらいあるか」を確認してみてください。

この数字がわかると、インボイス登録が自分の事業に与える影響を考えやすくなります。

まとめ｜免税事業者との取引は「税金だけ」で決めない

2026年10月から、免税事業者などインボイス発行事業者以外からの仕入れについて、仕入税額控除できる割合は80％から70％へ変わります。

その後も、70％ → 50％ → 30％と段階的に縮小し、2031年10月以降は原則として経過措置が終了します。

ただし、免税事業者との取引そのものができなくなるわけではありません。

また、「未登録だから取引をやめる」「未登録だから値下げする」と単純に判断すべき問題でもありません。

大切なのは、実際の税負担差を数字で確認することです。

そのうえで、価格、品質、専門性、信頼関係、代替可能性まで含めて判断しましょう。

インボイス制度は税金の制度ですが、取引先を選ぶことは経営判断です。

次回｜2026年10月までに何を準備すればいい？

Day4では、ここまで学んだ内容を実際の行動につなげます。

テーマは、「2026年10月までに法人・個人事業主は何を確認すればいい？」です。

• 2割特例の利用状況
• 3割特例の対象確認
• 一般課税と簡易課税の比較
• インボイス未登録取引先の確認
• 税負担の試算

などを、順番に確認できる形で整理します。

参考情報

この記事は、2026年9月時点で公表されている国税庁・財務省の令和8年度税制改正情報などをもとに作成しています。

• 国税庁「令和8年度 税制改正特集」
• 国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」
• 財務省「令和8年度税制改正の大綱」

※税制の適用関係は、取引内容、課税方式、課税期間、過去の届出などによって異なる場合があります。また、取引条件の見直しでは独占禁止法・下請法等が関係する場合があります。実際の税額計算や個別の取引判断については、必要に応じて税理士などの専門家へご確認ください。